Das Watergate wurde im Oktober 2002 in einem Bürogebäude an der Oberbaumbrücke am Kreuzberger Spreeufer eröffnet. Nach kurzer Zeit setzte man ganz auf Tanzmusik im Bereich House und Techno. 2008 kam an gleicher Adresse noch das Plattenlabel Watergate Records hinzu, das Mix-CDs und Vinylplatten der im Watergate auflegenden DJs veröffentlicht.
2015 lag das Watergate mit Platz 68 in der Top 100 des DJ Magazine.
Das Watergate besetzt zwei Stockwerke, von denen man jeweils einen Ausblick auf die Spree hat. Im oberen Floor („Mainfloor“) ist ein 12 Meter langes LED-Laufband der Firma Room Division an der Decke installiert. Im unteren Floor („Waterfloor“) führt eine Tür zu einer Außenterrasse auf der Spree, die aber nur zeitweise geöffnet ist.